ある日、ゲーム界でマクアムーゲという悪人が人間界を支配しようと「がんばれゴエモン きらきら道中～僕がダンサーになった理由～」で登場したハラキリ=セップク丸とその手下、辻斬り四人組を電脳トンネルを使って人間界に送り込んだ。セップク丸がはじめて人間界に出た場所は、ゲームアートなどがたくさんあるビルの隣にあるアパートの住民のテレビ。そのビルが建ったことに激怒した住人がテレビを蹴り飛ばし、その画面にセップク丸が映って登場した。ゴエモンは物知り爺さんが慌てて電脳トンネルをつなげたため、セップク丸を見たという少年、石川ツカサの部屋のテレビ(なぜかキーボードが置いてある)から登場。そこから物語が始まる。