タイムスリップが出来るようになった時代25世紀。ある日時空保護局が何者かによって破壊されてしまい、時空モンスターが様々な過去の時代に飛ばされてしまう。そんなある日大和ソラは弟のトキオといっしょに化石発掘の課外授業を受けていた。化石はないかと調べて見るとふしぎな化石を発見する。叔父の大和博士に協力してもらい、復元してみると、なんとそれは原始時代に生きていた少年ゲンシとジクモンのラブラブであった。ゲンシは時空保護局を破壊した張本人、時空犯罪者TPレディの攻撃を受けてしまい父親のオトタンと共に化石になってしまったのである。友達思いで悪い奴は許さない正義感が認められゲンシは時空探偵に任命された。時空モンスターを保護し時空犯罪者を捕らえるのが時空探偵の使命。ゲンシは、武器になって生まれ変わったオトタン、ソラ、トキオ、そして同じ時空探偵の鳴神京一郎と協力し、時空モンスター保護とTPレディを追跡し、過去の時間を元に戻していけるだろうか?