現代の医学では治療不可能な病気を未来の医療技術に希望を託したスリーパーと呼ばれる冷凍睡眠患者。その一人、海堂祐司が目覚めたのは巨大な虫を彷彿させる謎の生命体、BLUEによって支配された西暦2031年の荒廃した地球だった。

変わり果てた世界を目の前にただ愕然となる祐司に対し、極東方面スリーパー回収部隊チーム・グランザイルのアーマーシュライクパイロット、マリーン・エンジェルは事の経緯を淡々と説明する。BLUEが出現したのは今から14年前であること。BLUEは鉱物などの無機物までをも喰らって自らの生命エネルギーに変換できる極めて特殊な生物であること。その圧倒的な繁殖力を前に地球を追われた人類はセカンドアースと呼ばれる衛星軌道上のスペースステーションへ移住したこと。長年にわたって反撃の機をうかがっていた人類が遂にその行動を起こしたこと。

こんな世界に目覚めるぐらいならいっそ死んだほうがましだったと言う祐司に、スリーパーをセカンドアースに収容することが自分たちの任務であり、それが終われば死んでもかまわないとマリーンは冷徹な言葉を返すのだった。