ビーストウォーズの終焉により、セイバートロン星に帰還したサイバトロン。しかし、気がつくと謎の機械軍団ビーコンに襲われ、それまでの記憶を失いロボモードへの変身もできなくなっていた。セイバートロン星地下深くに逃げ込むコンボイ達。そこで最初のトランスフォーマーの創造主オラクルと出会い、フォーマットの書き換えを行い、機械と生物の融合体へと生まれ変わる。

何が起こったかを突き止めるためビーコン軍団を撃退し、議会に辿り着いたコンボイ。しかしそこにいたのはセイバートロン星を支配したメガトロンだった。