絶海の孤島コンゴ・ボンゴ島。ドンキーコングはジャングルで偶然クリスタルココナッツを発見した。クリスタルココナッツは強大な力を持ち、悪用すれば世界征服も可能だという。これに目をつけたキングクルール一味は島の乗っ取りのためにクリスタルココナッツを奪おうとする。一方クランキーコングは自分の家にクリスタルココナッツを隠し、ドンキーたちとともに島の平和を守るために戦うことになった。